1. ต้นพันธุ์ดีได้ในปริมาณมากและตรงตามพันธุ์
2. ประหยัดต้นพันธุ์และค่าปฏิบัติดูแล
3. ได้ต้นพันธุ์ที่มีขนาดต้นเท่ากัน
4. ผลผลิตมีขนาดและคุณภาพเหมือนกัน
5. ระยะเวลาปลูกที่สั้นลง
6. ต้นกล้ามีความแข็งแรง เจริญเติบโตดี และมีภูมิคุ้มกันโรคสูง
7. สามารถคัดเลือดเพศมะละกอให้เป็นดอกสมบูรณ์เพศ 100 เปอร์เซ็นต์
มีความยุ่งยากในขั้นตอนการผลิตและเตรียมต้นพันธุ์ก่อนปลูกลงแปลงมากกว่าการปลูกจากเมล็ดทั่วไป